تعتبر هذه المواد الأرشيفية ذات أهمية كبيرة للعلماء والباحثين الذين يحاولون تفسير الأحداث التاريخية أو تاريخ القطع المعروضة والمخزنة في المتحف، ويدعم أرشيف المتحف أيضًا موظفي المتحف عند البحث عن أي ثغرات في سجلات المتحف.

يتكون أرشيف المتحف المصري من العديد من الوثائق الفريدة على سبيل المثال:

• ما يقرب من 50000 من المواد المتعلقة بالتصوير الفوتوغرافي بأشكال مختلفة ، بما في ذلك السلبيات الزجاجية والأفلام الجيلاتينية والصور الرقمية كما يغطي أرشيف الصور الفوتوغرافية مجموعة واسعة على سبيل المثال مشاريع الحفائر والمواقع الأثرية في مصر وصور مراحل بناء المتحف المصرى والعرض القديم داخل قاعات المتحف.
• ما يقرب من 30 رسومات معمارية أصلية للمتحف  صممها المهندس المعماري الفرنسي مارسيل دورنيون.
• ما يقرب من 28 مخطوط خاص بالكتالوج العام للمتحف الذى أعده علماء المصريات منهم: دارسى، وريزنر وماسبيرو.
• أرشيف كامل للسجلات العامة بالمتحف والسجلات المؤقتة، السجلات الخاصة بالأقسام المختلفة بالمتحف والكتالوج العام.