تبلغ مساحة البدروم 5400 متر مربع ويحتوي على 45 قاعة تخزين وتم تجديد الأروقة الغربية في عام 2002 لمعرض الذكرى المئوية للمتحف ثم تم تخصيصها لمتحف الأطفال، كما تم تجديد قاعة 56 في عام 2008 كمعمل الحمض النووي، وتجديد قاعات 57 و 55 كمكاتب للأمناء ومكتب التسجيل.

يستخدم البدروم لتخزين القطع الأثرية التي لم يتم عرضها في المتحف من قبل وقد إستقبل البدروم قطع أثرية في صناديق خشبية مغلقة تم إكتشافها فى مواقع مختلفة في مصر بواسطة البعثات المصرية والأجنبية وفي كثير من الأحيان المعلومات المسجلة هو الدليل الوحيد المكتوب بالحبر الأسود السميك على الصناديق وتشمل إسم الموقع أو بعثة الحفائر وأحيانًا التاريخ ومع مرور الوقت إزدادت المجموعة الموجودة في البدروم حيث وصلت المزيد والمزيد من صناديق الإكتشافات من مواقع مختلفة إلى المتحف.

إستقبل البدروم صناديق من القطع الأثرية المضبوطة بالإضافة إلى صناديق ناتج الإكتشافات الأثرية، ومؤخراً صناديق قطع الآثار المستردة التي أعيدت إلى الوطن والتي تم وضعها في البدروم بعد عرضها في المعارض المؤقتة وإذا أخذنا في الاعتبار كل هذه المقتنيات فيمكننا القول إن عدد القطع الأثرية في بدروم المتحف المصرى ربما تضاعف ليصل إلى أكثر من 100.000 قطعة.